Kann man den Zylinder und Kolben einer 3HE auf eine 3HJ wechseln .

Ich denke er meint schon seine 3HJ,also FZR 500 ...;)
Check die Teilenummern der Kurbelwelle, der Pleuel und des Zylinderkopfs,damit kannst du eher abschätzen ob das eventuell funktionieren kann...leichter und kostengünstiger wärs aber in den Rahmen der 500er einen 600er Motor komplett umzutopfen mitsamt CDI+Vergasern als alles anzupassen...

Yamaha Ersatzteilkatalog und Explosionszeichnungen <-Da findest du auch den Österreichischen Ersatzteilkatalog sowie den Deutschen und auch für die US-Modelle wo du die Teilenummern zu den Einzelteilen der diversen Modelle raussuchen kannst um sie zwischen den Modellen zu vergleichen. Gleiche Ersatzteilnummern heisst dann auch gleiche Teile...komplette Nummern wohlgemerkt, nicht nur Endziffern! Yamaha anschreiben dürfte da nicht wirklich zielführend sein, es sei denn du bezahlst sie dafür dir die Nummern alle in Kleinarbeit rauszufischen

Aufgrund eines anderen Hubraums dürfte eine 600er wohl etwas weniger Drehzahl fahren als eine 500er oder gar eine 400er (leztere hat beispielsweise den Begrenzer bei 14500 rpm,ein 600er Motor wäre da schon lange gegrillt bzw. zerglüht) und daher eine etwas andere Zündkurve benötigen, desweiteren dürfte auch die Bedüsung der Vergaser von der 500er nicht einfach so für die 600er übernehmbar sein, wewegen zumindest umbedüsen, günstiger aber wohl ein 600er Vergaser angesagt sein dürfte.

Bei dem Aufwand und den anstehenden Kosten für den Dichtsatz, die anderen Düsen, den Zylinder, die Kolben, ggf. noch Kurbelwelle+Pleuel
etc. halte ich den direkten Tausch von Motor, Vergaser+CDI einfach für sowohl simpler durchzuführen als auch kostengünstiger für die Aufrüstung...müsstest dann halt nur vorher gucken ob das bei dir in Ö soweit in die Papiere eintragbar ist,denn nötig wird das wegen der Hubraum+Leistungsänderung sicherlich sein wenn du legal unterwegs sein willst

Bei eingen FZR-Modellen kann man durch eine kleinere Umverdrahtung der TCI (die Steuerboxen der FZRs sind TCIs und keine CDIs) noch den letzten Rest der Zündkure rausholen der sonst zu einer Drosselung der betroffenen Modelleauf 98 PS führt. Die Kilo-FZRs und die Ypsen sind mir dahingehend eindeutig bekannt und auch ind er Technik-FAQ sowie in Yamaha-Gutachten zur Leistungssteigerung diesbezüglich mitsamt Anleitung wie mans macht erwähnt. Bei den 600ern hab ich diesbezüglich aber nur mal was von ner recht experimentellen Version für die 4JH (also FZR 600R) gelesen wo sowas zu gerade mal 4 mehr-PS führen kann(nicht muss!)...jedoch nix zur 3HE die deiner 3HJ am nächsten käme. Beim Thema 3HE Motortuning hab ich bislang auch nur ne Anleitung in den FZRarchives zu einem recht wilden Mix aus einem 4JH und einem 3HE Motor geshen die dann zu 660 ccm und entsprechend etwas mehr Leistung führt, aber noch nichts zum Thema TCI-Umverdrahtung oder Zündkurvenmodifikation an einer originalen TCI. Das dürft wohl eher mit einer Ignitech-Zündbox in Kombination mit Einzelzündspulen funktionieren als mit einer originalen TCI und den Doppelzündspulen.
Man könnte ja mal gucken welche Funktion der Schalter an deiner (originalen?) TCI da eigentlich hat indem man mal guckt an welche Drähte der angeschlossen ist und was diese Drähte gemäß Schaltplan eigentlich an die TCI anschließen sollten und je nach Schalterstellung nun eben nicht mehr tun oder dann anders anschließen als werksseitig vorgesehen wäre